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2021年4月23日、zoomでの研究室ミーティングに

研究テーマ

本研究室では、生理条件下でのタンパク質や核酸、それらのリガンド分子等も含めた「複合系」の電子状態、安定構造、動的振舞い等を第一原理手法を用いた計算機シミュレーションを駆使して解析し、機能予測や分子設計、創薬などへの応用を目指しています。
詳しくは、「基本情報」、「研究内容」、「メンバー」ページをご覧ください。

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更新情報


2022年4月1日 新4年生が配属されました。 2021年4月14日 研究成果を更新しました。 2021年4月1日 新4年生が配属されました。 2020年4月1日 新4年生が配属されました。 2019年5月5日 ホームページをリニューアルしました。 2019年4月25日 メンバーページを更新しました。歓迎会を行いました。 2019年04月01日 新4年生が配属されました。 2018年4月6日 メンバーページを更新しました。 2018年4月4日 今年度の研究室キックオフミーティングを行いました。 2018年4月1日 栗崎先生が着任されました。新4年生が配属されました。 2017年12月31日 Journal of Molecular Graphics and Modelling誌に論文が掲載されました(詳細(101))。 論文タイトルは「Structural Transition of Solvated H-Ras/GTP Revealed by Molecular Dynamics Simulation and Local Network Entropy」です。 2017年12月31日 Chemical Physics Letters誌に論文が掲載されました(詳細(100))。 論文タイトルは「Information Geometrical Characterization of the Onsager-Machlup Process」です。 2017年4月14日 Physical Chemistry Chemistry Physics誌に論文が掲載されました(詳細(99))。 論文タイトルは「Meteorite impacts on ancient oceans opened up multiple NH3 production pathways」です。 2017年04月04日 今年度の研究室キックオフミーティングを行いました。 2017年04月01日 新4年生が配属されました。 2016年12月14日 Scientific Reports誌に論文が掲載されました(詳細(98))。 論文タイトルは「Meteorite Impact-Induced Rapid NH3 Production on Early Earth: Ab Initio Molecular Dynamics Simulation」です。 2016年12月06日 The Journal of Chemical Physics誌に論文が掲載されました(詳細(97))。 論文タイトルは「Correlational and Thermodynamic Properties of Finite-Temperature Electron Liquids in the Hypernetted-Chain Approximation」です。 2016年11月23日 D2の上原君の論文がMolecules誌に掲載されました(詳細(96))。 論文タイトルは「AutoDock-GIST: Incorporating Thermodynamics of Active-Site Water into Scoring Function for Accurate Protein-Ligand Docking」です。 2016年10月25日 The Chem-Bio Informatics Society(CBI学会)にて、M1の徐君と丸山君がポスター発表しました。 2016年09月22日 第39回ケモインフォマティクス討論会にて、D2の上原君が依頼講演を行いました。 2016年08月25日 ACS 2016 fall meetingにて、D2の上原君がポスター発表をしました。 2015年08月16日 共同研究者の中野先生との共著論文がChemical Physics Letters誌に掲載されました(詳細(95))。 論文タイトルは「Local Thermodynamics of the Water Molecules around Single- and Double-Stranded DNA Studied by Grid Inhomogeneous Solvation Theory」です。 2016年07月19日 トップページを更新し、メンバーページを設置しました。 2016年06月13日 近畿化学協会コンピュータ化学部会 公開講演会(第96回例会)に本研究室の先生方が参加されました。 2016年05月23日 第9回先進科学技術活用力養成講座に本研究室の先生方と学生が参加しました。 2015年05月05日 共同研究者の鈴木さんとの共著論文がChemical Physics誌に掲載されました(詳細(94))。 論文タイトルは「Four-Electron Model for Singlet and Triplet Excitation Energy Transfers with Inclusion of Coherence Memory, Inelastic Tunneling and Nuclear Quantum Effects」です。 2016年05月20日 サントリー生命科学財団の佐竹炎博士に「ホヤの内分泌系・神経系の研究から見えたことと、これから知りたいこと- 分子・機能の多様性からシステムの多様性へ」というタイトルでご講演をしていただきました。 2016年04月22日 第371回CBI学会講演会に田中先生と上原君、松永君が参加しました。 2016年04月15日 第19回創薬インフォマティクス研究会に本研究室の先生方と学生が参加しました。 2016年04月04日 今年度の研究室キックオフミーティングを行いました。 2016年04月01日 新4年生が配属されました。 2016年03月31日 神戸大学百年記念館にて、南カリフォルニア大学と神戸大学間での連携協定締結を祝したJoint Research Kick-off Symposiumが開催され、田中先生と島村先生が講演されました。 2016年03月25日 平成27年度卒業式・学位記授与式が挙行されました。卒業・修了おめでとうございます! 2016年03月24日 卒業生・修了生の追い出しコンパを行いました。4月からも新しい環境・職場でがんばってください! 2016年03月22日 島村先生が東北大学大学院理学研究科の古川善博先生と東北大学に「生命の起源」に関する研究の意見交換を行いました。 2016年03月19日 島村先生が第71回日本物理学会年次大会で講演されました。 2016年03月16日 田中、島村の両先生が国立研究開発法人物質・材料研究機構の中沢弘基先生の研究グループを訪問し「生命の起源」に関する研究の意見交換を行いました。 2016年03月01日 田中先生の論文がThe Journal of Chemical Physics誌に掲載されました(詳細(93))。 論文タイトルは「Diffusion Monte Carlo Study on Temporal Evolution of Entropy and Free Energy in Nonequilibrium Processes」です。 2016年02月10日 平成28年度「京」を含むHPCIシステム利用研究課題で、 原初地球の酸化的大気下におけるポリペプチド生成過程の第一原理的研究 原初地球における核酸形成過程の第一原理分子動力学シミュレーション の2つ課題が採択されました。両課題とも「生命の起源」に関する研究です。 2015年10月27日 Chem-Bio Informatics Society(CBI学会)にて、D1の上原君が口頭発表、M1の羽野君がポスター発表しました。 2015年10月17日 D2の吉成君が第1回放射線ワークショップで口頭発表しました。 2015年10月08日 D1の上原君が第38回ケモインフォマティクス討論会で口頭発表しました。 2015年10月07日 D1の上原君が第三回ケモインフォマティクス若手の会で口頭発表しました。 2015年10月01日 島村先生が助教に着任しました。 2015年09月07日 D3の松岡君の論文がJournal of Theoretical Biology誌に掲載されました(詳細(88))。 論文タイトルは「Systems approach to excitation-energy and electron transfer reaction networks in photosystem II complex: model studies for chlorophyll a fluorescence induction kinetics」です。 2015年07月07日 D1の上原君の論文がPhysical Chemistry Chemical Physics誌に掲載されました(詳細(91))。 論文タイトルは「Protein-Ligand Docking Using Fitness Learning-Based Artificial Bee Colony with Proximity Stimuli」です。 2015年06月04日 D1の上原君JCUP VIで口頭発表しました。 2015年06月01日 M2の蔵内君の論文がComputational and Theoretical Chemistry誌に掲載されました(詳細(89))。 論文タイトルは「Novel type of virtual ligand screening on the basis of quantum-chemical calculations for protein-ligand complexes and extended clustering techniques」です。 2015年05月20日 ホームページの微調整を行いました。 2015年05月10日 メンバー紹介のページを更新しました。 2015年04月25日 共同研究者の杉本先生との共著論文がChemical Communications誌に掲載されました(詳細(87))。 論文タイトルは「i-Motifs are more stable than G-quadruplexes in a hydrated ionic liquid」です。 2015年04月01日 4回生が配属されました。 2015年03月02日 D3の近藤君の論文がChemical Physics Letters誌に掲載されました(詳細(90))。 論文タイトルは「Theoretical prediction and experimental verification on enantioselectivity of haloacid dehalogenase L-DEX YL with chloropropionate」です。 2015年02月15日 共同研究者の福澤先生との共著論文がComputational and Theoretical Chemistry誌に掲載されました(詳細(86))。 論文タイトルは「Explicit solvation modulates intra- and inter-molecular interactions within DNA: Electronic aspects revealed by the ab initio fragment molecular orbital (FMO) method」です。